انتخاب مواد گلخانه های کوچک متنوع است که عمدتاً شامل مواد اسکلت، مواد پوششی و سایر مواد کمکی می شود. موارد زیر برخی از مواد رایج هستند:
مواد اسکلت: اسکلت گلخانه شالوده کل سازه است و نیاز به استحکام و پایداری کافی دارد. مواد متداول اسکلت شامل فولاد و آلیاژ آلومینیوم است. فولاد به دلیل استحکام بالا و دوام خوب و هزینه نسبتا کم رایج ترین انتخاب است. آلیاژ آلومینیوم دارای مزایای وزن سبک، مقاومت در برابر خوردگی و زیبایی است، اما هزینه آن بالا است.
مواد پوشش دهنده: مواد پوشش دهنده بخش مهمی از محافظت گیاهان داخلی در برابر محیط خارجی هستند. مواد روکش معمولی شامل شیشه، فیلم پلاستیکی، پانل های خورشیدی و غیره است. شیشه دارای قابلیت عبور نور خوب و دوام قوی است، اما شکننده و سنگین است. فیلم پلاستیکی هزینه کم، وزن سبک و نصب آسان دارد، اما عمر مفید آن نسبتاً کوتاه است. پانل های خورشیدی مزایای شیشه و فیلم پلاستیکی را با عبور نور خوب و دوام ترکیب می کنند، اما هزینه آن بالا است.
سایر مواد کمکی: از جمله براکت ها، جای کارت، درزگیرها و ... اگرچه در ساخت گلخانه ها کاربرد چندانی ندارند، اما نقشی بی بدیل دارند. به عنوان مثال، از براکت ها برای پشتیبانی و تثبیت مواد پوششی استفاده می شود و از شکاف ها و درزگیرها برای اطمینان از اتصال محکم مواد پوششی برای جلوگیری از نفوذ باد و باران استفاده می شود.
